Эль-Кузейр известен еще с античных времен (эпоха до нашей эры). Тогда его называли Белой Гаванью, однако в переводе с арабского «Эль Кузейр» означает «меньшая версия», то есть малый дворец. Это название связано со стратегической позицией города, ведь он известен своим морским портом.